西方殖民者入侵前长期由阿拉伯苏丹统治。1841年法国入侵马约特岛。1912年科摩罗四岛正式沦为法国殖民地。1946年成为法“海外领地”。1961年取得内部自治。

　　1975年7月6日独立，成立科摩罗共和国，艾哈迈德·阿卜杜拉（Ahmed Abdallah）任总统。同年8月，阿里·萨利赫发动政变，并于次年1月任总统。1978年10月22日改国名为科摩罗伊斯兰联邦共和国。

　　1990年3月，赛义德·穆罕默德·乔哈尔（Said Mohamed Djohar）当选总统，组成科独立以来的第一个多党联合政府。

　　1995年9月，科前总统卫队长、雇佣军头目、法国人德纳尔发动军事政变，囚禁乔哈尔总统，卡阿比总理成立过渡政府。乔哈尔获释后被送往留尼汪“治病”，并宣布成立合法政府，科出现两个政府共存局面。

　　1996年1月，总统派和总理派实现和解，3月16日组织新的总统选举，穆罕默德·塔基·阿卜杜勒卡里姆（Mohamed Taki Abdoulkarim）当选总统。1997年7月，昂儒昂岛要求脱离科摩罗归属法国，
10月宣布独立。1998年11月塔基病逝，塔基丁出任代总统。

　　1999年4月19－23日，科各岛和各党派代表在非洲统一组织和马达加期加等主持下召开岛际会议并达成《塔那那利佛协议》，规定成立科国家联盟，各岛实现高度自治，但昂岛代表拒绝在协议上签字，引发科国内局势动荡。4月30日，科军参谋长阿扎利上校成功发动军事政变上台后中止宪法，停止政府、议会及司法等各部门的一切工作，组成由军官参加、文官占主导地位的政府机构，宣布将在为期一年的过渡期内执政。阿扎利上台后，宣布将在为期一年的过渡期内解决昂岛危机并组织选举，还政与民。阿组成文官占主导地位的政府机构，紧缩财政，补发工资，召开全国有生力量大会，吸收更广泛的政党代表参政，基本稳定了科局势。同时，阿积极寻求与昂岛当局对话，2000年8月与昂岛领导人阿贝德签署《丰波尼共同声明》，原则同意进行民族和解，决定成立带有邦联性质的“科摩罗新集体”。因声明与《塔那那利佛协议》出入较大，受到非统的反对。2001年2月，在非统和法语国家组织等的斡旋下，科
政府、反对党、昂岛当局、各岛代表及非统等9方签署《科摩罗和解框架协议》，对民族团结政府的组成及有关问题作出界定，科全面民族和解进程正式启动。8月，科新宪法草案出台，各方同意成立科摩罗联盟，以给予包括昂岛在内的科四岛高度自治方式解决昂岛分裂问题。12月23日，科通过新宪法草案，决定成立科摩罗联盟，以给予包括昂岛在内的科四岛高度自治方式解决昂岛分裂问题。

　　2002年3－4月，科举行全国大选，经两轮选举，阿扎利当选科联盟总统，并于5月26日宣誓就职。近年来，“世行”和“国际货币基金”把对科援助建立在实现民族和解进程上，只有实现民族和解才能获得大额国际援助。为完成上述目标，2004年上半年举行了立法选举，选出了地方和国家议会议员和议长。现已通过了5个法律文件。