以岛为单位划分为省，每个岛为一个省，各省由省长（Gouverneur）领导。省下辖县、乡、村。全国共有3个省（不含马约特）、15个县、24个乡。大科摩罗省分管辖米察妙利、莫罗尼、丰布尼3个县，34个乡，省会莫罗尼；昂儒昂省管辖穆察穆杜、多莫尼、锡马3个县，20个乡，省会穆察穆杜；莫埃利省管辖1个县，3个乡，省会丰博尼。